O controlo de qualidade direcionada para a segurança do processo e para a qualidade do produto final é uma prioridade no contexto atual.
A periodicidade e plano adequados devem seguir os referenciais normativos adequados à área de atividade e especificidades do processo de produção.

A descarga das águas residuais ou efluentes industriais nos colectores municipais encontra-se regulada. Não cumprir com as directrizes implica contaminar cursos de água destinados ao tratamento para consumo humano e por inerência ficar sujeito a avultadas coimas.
O plano de controlo deve ser definido em função da área de actividade industrial pela Entidade Gestora de Águas e Resíduos.

A pesquisa de microrganismos indicadores da higiene de processos em superfícies e manipuladores, é essencial para a implementação do sistema HACCP, pois vai validar as metodologias implementadas.
Estas análises são efetuadas de acordo com o tipo de estabelecimento e das necessidades do cliente.

Abrangidas pela Lei nº 52/2018, estas águas, que podem gerar aerossóis, deverão ter definidos procedimentos, bases e condições para a criação de um plano de prevenção primária e controlo da bactéria Legionella. Nestas incluem-se: torres e sistemas de arrefecimento, condensadores evaporativos, humidificadores, águas para fins terapêuticos ou recreativos, redes prediais (águas quentes sanitárias), sistemas de rega e fontes ornamentais.
O plano prevê um programa de monitorização e tratamento preventivo ou corretivo, que inclua os parâmetros a analisar, procedimentos de tratamento e frequência de amostragem e análise de acordo com a Portaria nº25/2021 e o Despacho 1547/2022.